游戏开创性地设计了十余种结局，只要达成一定条件就能够给世界带来迥异的命运。丰富多彩的结局是时空之旅的特色之一，也成为玩家们体验二周目的重要动力。最难见到的“史克威尔开发室”结局更是让人体会到了制作背后的种种酸甜苦辣。

失败结局

结局:Bad Ending

条件：挑战拉沃斯失败即可。

拉沃斯出现在了大地上，毁灭了世界。

BUT...THEFUTURE REFUSED TO CHANGE

（但是……未来拒绝改变）

结局1：时间的彼方

条件：复活克努罗之后，击败拉沃斯。

动画：与游戏开始的场景类似，当千年祭的钟声响起来，一个士兵喊醒克罗诺，告诉克罗诺,他的缓刑已经被撤销，然后在城堡见到国王与公主。但是国王把功劳都归功于lucca，然后见到了各个时代的人，玛尔的祖先，祖祖先，还有祖孙。之后大家一起参加千年纪最后一晚的月光巡游。

最后在大家在时空门关闭前回到自己的年代在告别之后，国王会更换广场的钟。后面有多种变化

结局1变化1：飘走

条件：通过带翅膀的时之翼抵达拉沃斯内核

动画：由于驾驶时之翼撞破拉沃斯外壳（推荐看看）且时空门关闭，主角再也无法进行时空旅行。克罗诺和玛尔帮助国王替换钟后，主角带着玛尔飞向夜晚的天空。

结局1变化2：跟着猫走

条件：使用时之翼之外的方式抵达拉沃斯内核

动画：在时空门关闭前的一秒，克罗诺家的猫突然跑进了时空门，克罗诺的老妈也喊着猫猫被传送走了。克罗诺马上驾驶时之翼去追老猫，可以看到各时代生活的场景

其他还有不影响结局动画的细节

◆如果赢得克罗诺人偶，便可以在广场上看见

◆ 克罗诺见国王时，国王身边的人是皮艾尔，如果在支线剧情救出了大臣，那么站着的便是大臣

◆如果在支线剧情救下拉拉，那么她就会站立起来

◆如果魔王成为同伴，他会在结尾时出现；如果没有，青蛙会在自己时代中恢复人类外貌（告别时，玛尔和lucca觉得青蛙真心的英俊,希望他留下来，这让主角情何以堪）

◆猫的数量与家中数量一致

结局2：再会

条件：克罗诺死后复活前

动画：除了克罗诺之外，所有的人被时之贤者救醒了之后说，他们必须尽快返回自己的年代，因为拉沃斯的力量被消灭，时空门马上就要关闭。玛尔想趁早救回克罗诺，但是青蛙，机器人，艾玛想回自己的年代。他们逃离的速度太快，以至时之贤者没机会告诉给他们时之卵.(如果你之前已经得到时之卵，时之卵会被丢掉)

玛尔去月光巡游，并和lucca去时光机回忆之前的冒险旅程。lucca若有所思的说原以为时空门是源于拉沃斯的力量，现在她觉得这个想法错了，或许有其他类似，但是好的伟大的存在给我们机会看看其他的时代（如果有时之翼的话，lucca说我们应该摧毁它）

突然，半空开了一个时空门，机器人，艾玛，青蛙，时之贤者从里面掉了出来。这三人告诉她时之卵可以救回克罗诺，但时之贤者逃跑了，其他的人都追时之贤者去了，lucca与玛尔乘坐时之翼，经历各个时代后，玛尔会去死山树下等候，在太阳升起的时候，一个熟悉的背影慢慢在空中闪现，她朝着他跑过去

结局2变化1，

条件：使用时之翼抵达拉沃斯内核除了时之贤者外，

动画：其他的人都来参加月光游行，原来lucca把传输机改造成了时光机，然后除了玛尔之外，大家通过时光机去救克罗诺。玛尔最后帮国外挂钟的时候，会被气球带去死山。

结局3：梦之开发组

条件：去600前在右边的传输机（游戏最开始单挑或者带着玛尔）或者海底神殿击败lavos

动画：最难的成就，在时之界与所有开发人员对话，可以见到三大神（到鸟山明、掘井雄二和坂口博信三人。）

结局4：加尔迪亚的继承者

条件：从600返回后，回城堡前，右边的传输机击败拉沃斯

动画：你会回到千年纪会场，玛尔被人们异样的目光盯着，每个人都认为玛尔穿着某种奇异服装，她回到城堡发现国王说她又伪装成人类的样子，原来城堡里所有的人都是半人半青蛙的生物，并且她也是，公主突然开始青蛙跳和青蛙叫。原来救出丽妃后，青蛙和琳娜公主结婚了，最后的场景是青蛙和丽妃在教堂举行婚礼，可以看到青蛙的呱呱吻

结局5：休息

条件：抵达时之终点之后，回到600前

动画：青蛙，白鸡，努在搞笑。努想睡觉，青蛙一直骚扰它，。。。

结局6：传说的勇者

条件：在得知传说的勇者之后，从塔塔获得勇者勋章之前。

动画：这个结局使用2300重绘了游戏开始克努罗撞玛尔的一幕。在未来机器人女友把机器人撞了，然后捡起机器人的项链，俩个人最后坐着山头上看着远方。

故事回到1700年前，塔塔一人去南方大陆，准备和魔王决斗，不知道通过什么手段最终抵达魔王殿深处的时候，塔塔高喊，决斗吧，魔王。却发现王座上是克罗诺。玛尔与lucca从王座背后走出来，并举起了武器，克罗诺站着中间大笑起来。

结局7：不为人知的过去

条件：从塔塔获得勇者勋章之后，史前聚会前。

动画：展示了战胜拉沃斯后，每个人回到各自时代后做的事

1000：离开时空门

史前：人和恐龙人的战争

600：魔王站在海角看大海，最后走向三魔将

600：召集军队与魔王决战

23000：机器人跑

结局8：龙套演员

条件：拿回时空门钥匙之后，青蛙加入前

动画：按时间线展示人物

结局9：誓约

条件：青蛙回归后,战胜魔王前

动画：胜利后众人在露卡家休息，但青蛙没有忘记自己的使命，他只身来到魔王城，打倒三大魔将后，与魔王展开了一场你死我活的战斗。最后结果如何？

结局10：恐龙世纪

条件：打败魔王之后，打败帝兰城恐龙王之前。

动画：千年祭会场，现在变成了恐龙人的国度，主角恐龙人，照开始一样起床，下楼和妈妈说话，然后去会场玩耍，并碰到了恐龙公主

结局11：预言家的所追求的是....

条件：摧毁帝兰城之后，姐姐进入封印门之前。或者被逐出古代文明之后，在海底神殿之前。

动画：青蛙去找魔王单挑，只看到魔王的雕像，然后其他的人回到1000AD娱乐，那可恶的喝酒比赛被艾玛完爆，魔王去海底神殿。有魔王的经典语录

如果历史要改变，让它改变吧！

如果世界要毁灭，让他毁灭吧！

如果我注定要消失..

这也不错！

结局12：反省会

条件：在姐姐进入封印门之后，项链充魔前

动画：玛尔与露卡两位少女对游戏中登场的男性角色进行一番海阔天空的评论，非常有趣。最后登场的克罗诺甚至也第一次开口了。

结局13：在梦的结束时

条件：一次通关后，打完3个时空扭曲点回到时之终点打食梦者

动画：姐姐说这世界没人可以制服食梦者，就连她自己都会慢慢被吞噬掉，她告诉魔王不要再去尝试救她，然后把魔王放逐到1020AD，魔王在灰心丧气之时，为了获得新生，封印了所有的记忆。唯一只记得自己心底有个东西要争取。结束后可以得到主角最强武器梦幻